ไวรัสในตระกูล Rootkit นั้นถือได้ว่าเป็ฯไวรัสที่จัดการยากที่สุดตัวหนึ่ง เพราะมันมีความสามารถในการทำงานและการหลบซ่อนตัว จากการค้นหาของ แอนตี้ไวรัสปกติได้เป็ฯอย่างดีมากโดยหลักการทำงานของมันคือจะแฝงตัวเป็ฯไฟล์ระบบอยู่ใน Root directory และคอยควบคุม และตรวจสอบไวรัสตัวอื่น ๆ ที่มาควบคู่กับมัน และเมื่อแอนตี้ไวรัสตรวจสอบเจอไวรัสที่มากับมันแล้วลบออกไป Rootkit ก็จะจัดการสร้างไวรัส ขึ้นมาใหม่ และให้มันทำงานต่อได้ทันที แบบไม่จบไม่สิ้น ดังนั้นวิธีการเดียวก็คือจะต้องค้นหาและกำจัด Rootkit mี่เป็นต้นตอของไวรัสทั้งหลายในเครื่องให้ได้ก่อนซึ่งก็จำเป็ฯที่จะต้องใช้โปรแรกมเฉพาะ